Христијанизација јакија била је оно што је омогућило да се религиозни народ прошири 1609. године, продирући на територију Соноре.
Током колоније, Сонора је одговарала само падинама Сиерра Мадре Оццидентал у границама тог ентитета. Регија која је текла северно од реке Иакуи, укључујући и Реал де ла Циенегуилла, звала се Пимериа Баја, а најсјевернија регија од тог Реала до реке Цолорадо - већ у садашњој северноамеричкој држави Аризона - Пимериа Алта.
Садашња територија Сонора такође укључује мали регион на југозападу тада познатог Пимерије, смештен у држави Чивава и Остимури, место смештено на обалама Калифорнијског залива, између река Мајо и Јаки.
1614. године мисионари Перез де Ривас и Педро Мендез христијанизовали су Маје у области Остимури, поделивши мисију на три округа: Санта Цруз (на ушћу Мајо), Навојоа и Тесиа.
Тепахуе су основани заједно са Цорницарисима 1620. године. Отац Мигуел Годинез основао је мисије Сан Андрес де Цорницари и Асунцион де Тепахуи . Исте године основан је Ректорат Сан Игнацио, који је поред пет претходно поменутих мисија обухватио и мисије Бацум, Торин и Рахун, смештене на ушћу Иакуи.
1617. године родитеље Перез де Ривас и Томас Басилио преобратили су Иакуис-е. Упркос претрпљеним устанцима, нередима, мукама и убиствима, конверзија Соноре била је бржа и сигурнија. До 17. века језуити су се проширили и основали мисију Маицоба и Иецора у југозападном делу онога што су они знали као Цхинипас.
Мисије од реке Иакуи на северу биле су подељене у четири ректоријума: мисија Сан Борја групирала је мисије: Цуцумарипа и Тецорипа , основана 1619; Мовас и Оновас, 1622; Сахуарипа 1627; Матапе 1629; Онапа 1677. и Аривецхи , 1727. Ректорат три света јапанска мученика који су укључивали Батуцо основан 1627, Опосура 1640 и Бацадегуацхи , Гуазавас , Санта Мариа Бацераца и Сан Мигуел Бависпе , основан 1645. И ректорат Сан Јавиер који је интегрисао мисије Уреса 1636; Ацонцхи, Оподепе и Банамицхи 1639; Цуцурпе и Аризпе 1648. и Цуакуиарацхи 1655.
1687. године мисионар Еусебио Францисцо Кино ушао је у Пимериа Алта и започео мисије Ректората Нуестра Сенора де лос Долорес, оснивајући: Цаборца, којој је додељен Францисцо Јавиер Саета који одржава преписку са његовом духовном подршком, оцем. Кино; Атил, Тубутама, Богородица Жалосна из Шарића, Питикуита, Аиила, Окуитоа, Магдалене, Сан Игнацио, Цоцоспера и Имурис.
Након протеривања језуита, мисије су биле задужене за фрањевце, који више нису градили и ограничили су се само на покушај очувања постојећих. Једном кад су језуити већ основали насеља у Синалои и Сонори, окренули су поглед ка калифорнијској територији.
