Стални упади шпанског освајача Дон Нуно Белтран де Гузмана према западним земљама земље, како би се повећала његова власт и моћ над тим територијама, резултирали су успостављањем нове провинције назване Краљевина Нова Галиција.
Регија је била насељена разним аутохтоним групама, које су непрестано пустошиле насеља која су Шпанци у њој основали. Поручник Нуно де Гузмана, капетан Јуан Б. де Онате добио је наређење да смири те провинције и да оснује Вилла де Гуадалајара у месту званом Ноцхистлан, што је чињеница коју је конзумирао 5. јануара 1532. године, с обзиром на честе нападе домородаца на град морао је да се пресели годину дана касније у Тоналу, а касније у Тлакотлан. Трећи трансфер извршен је за насељавање града у долини Атемајац, где је град дефинитивно основан 14. фебруара 1542. године, уз присуство Цристобала де Онатеа као гувернера Нуеве Галиције и дон Антонија де Мендозе, тадашњи поткраљ Нове Шпаније, који је именовао Мигела де Ибару за градоначелника и потпоручника.
Град се брзо развијао и почео да се такмичи са градом Цомпостеле (данас Тепиц), која је тада била седиште верских и цивилних власти, тако да су становници Гуадалајаре вршили такав притисак на власти Аудиенције, да је краљ Фелипе ИИ је одлучио да изда издавање закона од 10. маја 1560. године о премештању из Компостеле у Гуадалајару, катедралу, Краљевски двор и званичнике Ризнице.
Урбана структура била је планирана према структури осталих колонијалних градова, па је њен изглед развијен у облику шаховске табле са трга Сан Фернандо. Касније је кварт Мекицалтзинго и Аналцо основао Фраи Антонио де Сеговиа, и кварт Мезкуитан, један од најстаријих. Изграђене су и куће градске куће, испред садашњег храма Сан Агустин и прве парохијске цркве у којој се налази Палата правде.
Данас, величанствени град, плодан колонијалним зградама, показује велики број релевантних архитектонских примера, као што је катедрала, место које треба видети, а саградио га је архитекта Мартин Цасиллас између 1561. и 1618. године. Његов стил је класификован као почетни барок. Његова чврста структура уздиже се испред данашње Плаза де Гуадалајара, са знатижељним кулама које су, иако не припадају првобитном стилу зграде, тренутно препознате као симбол главног града Гуадалајаре. Примитивне куле су уништене у 19. веку земљотресом, због чега су додане и оне које данас има. Унутрашњост храма је полуготичког стила, укључујући и своје сводове израђене од чипке.
Остала верска подручја из 16. века су самостан у Сан Франциску, основан 1542. године у близини реке, у четврти Аналцо, и готово потпуно уништен у реформацији. Очуван је његов храм, обновљен крајем 17. века, са барокном фасадом скромних соломонских линија. Самостан Сан Агустин, основан је 1573. године краљевском уредбом Фелипеа ИИ и тренутно чува свој храм фасадом оштрих хереријанских линија и унутрашњост са ребрастим сводовима.
Санта Марију де Грациа, још једну од самостанских основа, заузеле су доминиканске монахиње из Пуебле, саграђене 1590. године испред Плазе де Сан Агустин, а платио Хернан Гомез де ла Пена. Конструкција је заузела шест блокова, иако данас опстаје само њен храм, са неокласичном фасадом из друге половине 18. века.
