Рођен у Комо, Италија 1702. године племенитог рођења. У Шпанији, где стиже бежећи од аустријског рата, добија широка овлашћења за прикупљање пензије Моцтезуминих потомака у краљевском Цајас-у у Мексику.
Путовао је у Нову Шпанију 1736. Током осам година боравка посветио се истраживању указања Госпе од Гуадалупе, прикупљајући значајан графички и пиктографски материјал. Промовише крунисање слике Гуадалупана, што изазива неповерење у вицерегалне власти. Заробљен је и његова колекција је лишена. Месецима касније, након што је депортован у Шпанију, укрца се на брод који падне у руке пирата који су га напустили на Гибралтару.
Са великим делима стигао је у Шпанију и ступио у контакт са колекционаром Марианом Фернандезом де Ецхеверриаи Веитијом који је постигао ослобађајућу пресуду именовањем за краљевског хроничара Индије, што је положај који је Ботурини одбио да би се посветио писању о историји аутохтоних народа. Иако никада не опоравља своју колекцију, на њој је написао Каталог индијског музеја. Његов рад је врло оригиналан и добро документован. Умро је у Мадриду неизвесног датума, између 1750. и 1755. године.
