Освајање Оахаке било је релативно мирно, јер су господари Запотеца и Миктеца мислили да ће код Европљана пронаћи савезнике који су им потребни да поразе Астеке.
С друге стране, друге групе као што су Запотеци из Сиерре, Цхонталес и посебно Микес су се опирале и извеле наставак побуне. По њиховом тријумфу и још увек у 16. веку, Шпанци су лишили места староседеоце њихових земаља, легализујући ову акцију путем прилога, мерцедеса и подела које је доделио краљ, оцртавајући тако, од почетка шпанског освајања, неравнотежу и неједнакост која би владала између шпанског и аутохтоног друштва.
Злоупотребе колонизатора биле су толико обилне да је добар део посла који су обављале две Аудиенције и вицекраљ Антонио де Мендоза био усмерен на ограничавање моћи маркиза из Валле де Оакаца, Хернана Цортеса и еномендероса. Стога су предложили јачање краљевске власти и зато су проглашени Нови закони (1542.) и створена сложена администрација. Задатак евангелизације на подручју Миктеца и Запотеца био је рад доминиканског реда који је, у основи аутохтоним радом, изградио раскошне цркве и самостане на местима где су концентрисани велики центри становништва, као што су град Антекуера, Ианхуитиан и Цуилапан. .
Духовно освајање било је радикалније и насилније од војног освајања. Да би одржали контролу над становништвом, освајачи су одржавали, са модификацијама, одређене аутохтоне структуре на такав начин да су неки поглавари долине Оаксаке и Миктеца Алта успели да сачувају древне привилегије и имања; Уместо тога, да би америчке народе преобратили у хришћанство, мисионари су се трудили да униште било какав траг религије предшпанског света.
Упркос демографском паду домаћег становништва, изазваном епидемијама и малтретирањем, 16. век је био економски раст услед увођења нових техника, усева и врста. На пример, у Миктеци је добар профит остварен експлоатацијом свилене бубе, говеда и пшенице. Развој урбаног тржишта и рудника допринео је овом расту.
Међутим, овај процват су прекинули проблеми са којима се рударство суочавало од 1590. Трговина између Севиље и Америке се смањила, а пад броја становништва проузроковао је пад потрошње градова, а радна снага је сведена на минимум.
У седамнаестом веку, економска депресија је била када су дефинисане колонијалне структуре, консолидована је схема доминације и успостављени су механизми зависне економије. Примена монопола и централизоване комерцијалне шеме ометала је регионални економски развој, због чега су подручја богата попут Долине Оахаке усмеравала своју економију ка самодовољности упркос важности производње и трговине какаом, индигом и кохинеалом. .
Већ у другој половини седамнаестог века економија Нове Шпаније је почела да се побољшава: рударска производња је имала поновни раст, трговина са Централном Америком и Перуом је поново била дозвољена, а староседелачко становништво је почело да се опоравља. До тог тренутка, Шпанци који су живели у Миктеци и у долини Оакаца посветили су се сточарству у великим размерама и фарме су успешно комбиновале производњу пшенице и кукуруза са узгојем стоке. Колонијална економија је реструктурирана између 1660. и 1692. године, постављајући темеље просветитељског века.
Нова Шпанија расте и напредује у доба просветитељства. Територија се удвостручује, становништво се утростручује, а вредност економске производње је шест пута. Најбољи пример овог напретка примећује се у рударству, централној економској оси која је, иако је још увек поробљавала, прешла са 3.300.000 пезоса 1670. на 27.000.000 1804. године.
Богатство Нове Шпаније очитује се у интензивној грађевинској активности и прелива се у величанствености барока, тада су у Антекуери саградили, између осталог, капелу бројанице цркве Санто Доминго, цркву св. Соледад, Сан Агустин и Цонсолацион.
18. век био је век модернизације политичких и економских реформи које су предузели бурбонски краљеви.
До 1800. године Мексико је постао земља изузетног богатства, али и крајњег сиромаштва, већина становништва била је везана за хацијенде и комуне, малтретирани су на радним местима, робовали у рудницима и млиновима, без слободе, без новца. и без икаквих шанси за побољшање.
Полуострвени Шпанци су монополизовали политичку и економску моћ; Такви услови социјалне, економске и политичке неједнакости акумулирали су тензије и незадовољство. С друге стране, утицај догађаја као што су Француска револуција, независност Сједињених Држава и Енглеска индустријска револуција тресе америчку савест и идеја о независности Нове Шпаније почиње да се обликује у Креолима.
