Колонизација ових далеких земаља постигнута је непоколебљивом вољом и неуморним радом групе језуитских мисионара који су, знајући да освајачи нису успели да савладају староседеоце, одлучили да им донесу јеванђеље, постигавши тако речју оно што то није било постигнуто оружјем.
Тако су крајем седамнаестог века, под ентузијастичном иницијативом језуита Еузебија Кина, који је од шпанских власти добио дозволу да крене у експедицију адмирала Исидра Атонда и Антилона, мисионари стигли на оно за шта се тада веровало да је острво, да евангелизује своје неукроћене становнике. Дајући дозволу, Круна је поставила услов да се освајање изведе у име шпанског краља и да мисионари сами прибаве средства за извршење подухвата.
Прву мисију, Санта Марију де Лорето, основао је 1697. године отац Јосе Мариа Салватиерра, који је боравио у Тарахумари, и кога је отац Кино предложио да изврши велико дело. Санта Марија де Лорето била је више од сто година политичка, економска и верска престоница Калифорније.
Током наредне три четвртине века, мисионари су основали ланац од осамнаест врхунских тврђава, повезаних такозваним „краљевским путем“ који су сами изградили, повезујући регион Лос Цабос, на југу полуострва, са тренутном границом са нашим сусед на северу; То је било могуће јер су међу мисионарима били капелани са знањем грађевине и хидротехнике.
Неке од ових застрашујућих грађевина опстају у савршеном стању, као што је Сан Игнацио, једна од најлепших и најбоље очуваних, коју је саградио отац Јуан Баутиста Луиандо 1728; онај Сан Франциска Хавијера, основан 1699. године, који се састојао од скромне ћерпићеве капеле и свештеничке куће коју је саградио Фраи Францисцо Мариа Пиццоло; садашњу зграду је 1774. године саградио отац Мигуел Барцо, а због своје лепе архитектуре сматран је „драгуљем мисија Јужне Доње Калифорније“; она Санта Росалиа де Мулеге, коју је 1705. основао отац Јуан Мариа Басалдуа, 117 километара северно од Лорета, била је једна од најбоље лоцираних, будући да је саграђена у оази уз море.
Мисије су комбиновале лепоту архитектуре и богатство украса са практичним окружењем, што је омогућило да се око њих успоставе стална насеља. Мисионари не само да су евангелизовали староседеоце, већ су их научили да пустињу уроде плодовима датуља; увели су сточарство и узгој кукуруза, пшенице и шећерне трске; Успели су да земља натера воћке као што су авокадо и смокве, а да би се придржавали верских обреда који су захтевали вино и уље, добили су дозволу за узгој винове лозе и маслине, што је забрањено у остатку Нове Шпанија и захваљујући томе данас се у региону производе изврсна вина и маслиново уље. А ако све ово није било довољно, увели су и прве грмље ружа које су процветале у овим земљама и које данас красе паркове и баште читавог полуострва.
