Хидалго је отишао за Агуасцалиентес и кренуо курсом за Зацатецас. Из Зацатецаса, Хидалго је прошао кроз Салине, Венадо, Цхарцас, Матехуала и Салтилло.
Овде је утврђено да су главни вође, са најбољим трупама и новцем, отишли у Сједињене Државе. Већ на путу, ројалисти су их заробили 21. марта у Нориас дел Бајан или Ацатита дел Бајан. Хидалго је одведен у Монцлову, одатле је 26. марта отишао преко Алама и Мапими-а и 23. ушао у Цхихуахуа. Тада је формиран процес, а 7. маја узета је прва изјава. Црквена природа Хидалга довела је до тога да се његово суђење одлаже више од суђења његовим супутницима, а казна за понижавање проглашена је 27. јула, а 29. јула је погубљен у Краљевској болници у којој је Хидалго био затворен. Ратно веће је осудило затвореника да га ставе на оружје, а не на јавно место попут његових сапутника, и пуцајући у груди, а не у леђа, чиме је сачувао главу. Хидалго је реченицу чуо мирно и спреман да умре.
Његов последњи дан описан је на следећи начин: „Још у затвору служио му је чоколадни доручак, а узевши га, молио је да му се уместо воде послужи чаша млека, што је завршио са изванредним испољавањем апетита и задовољства. Тренутак касније, речено му је да је дошло време за мучење; Чуо је то без преправки, устао на ноге и изјавио да је спреман за полазак. У ствари, изашао је из гнусне коцке у којој се налазио и, напредујући петнаест или двадесет корака од ње, на тренутак се зауставио, јер га је официр страже питао да ли му се нуди нешто да последњи расположи; На то је он одговорио да, да је хтео да му донесу слаткише које је оставио на јастуцима: заиста су их донели, и поделивши их међу истим војницима који су требали да га запале и који су марширали иза њега, охрабрио их је и утешио својим опроштењем и његове најслађе речи да раде свој посао; А како је добро знао да му је наређено да не пуца у главу, и бојао се да ће много патити, јер је још био сумрак и предмети се нису јасно видели, закључио је рекавши: „Десна рука коју ћу ставити на прса биће , децо моја, сигурна мета до које морате ићи ”.
„Клупа мучења постављена је тамо у унутрашњем торалу наведене школе, за разлику од онога што је урађено са осталим јунацима, који су погубљени на малом тргу иза поменуте зграде и где је данас споменик. што нас подсећа на њега и нови тржни центар који је носио његово име; А кад је Идалго сазнао за место на које иде, кренуо је чврстим и ведрим кораком и не дозвољавајући да му се повежу очи, молећи се снажним и усрдним гласом псалам Мисерере; Стигао је до одра, пољубио га резигнирано и с поштовањем, и упркос неким препиркама због којих није седео окренутих леђа, заузео је место окренуто напред, ставио руку на срце, подсетио војнике да је то тачку на којој би требало да пуцају у њега, а тренутак касније експлодирало је пражњење пет пушака, од којих је једна ефикасно пробила десну руку не повређујући срце. Јунак је, готово неустрашив, затегнуо молитву, а њихови гласови утихнули су када је поново детонирано још пет пушчаних њушки, чији су меци, пролазећи поред тела, раскидали везе које су га везале за клупу, а човек је пао у језеро од крви, још није био умро; била су потребна још три метка да би се окончало то драгоцено постојање, које је поштовало смрт више од 50 година “.
Сунце се једва родило кад се већ поставило за јавност, на столици и на знатној висини, тачно на својој спољној страни. Његова глава, са главама Аљенде, Алдаме и Хименеза, биле су смештене у гвоздене кавезе у угловима Алхондига де Гранадитас у Гуанајуату. Тело је сахрањено у трећем реду Сан Францисцо де Цхихуахуа, а труп и глава су 1824. године донети у Мексико, да би били сахрањени са великом свечаношћу.
