Хидалго је кренуо за Агуасцалиентес и кренуо према Зацатецасу. Овде је утврђено да су главни вође, са најбољим трупама и новцем, отишли у Сједињене Државе.
Једном кад су кренули, ројалисти су их заробили 21. марта у Нориас дел Бајан или Ацатита дел Бајан. Хидалго је одведен у Монцлову, одатле је 26. марта отишао преко Алама и Мапими-а и 23. ушао у Цхихуахуа. Тада је формиран процес, а 7. маја узета је прва изјава. Црквени карактер Идалга проузроковао је да се његов процес више одлаже него поступак његових сапутника.
Казна за поништење проглашена је 27. јула, а 29. јула извршена је у Краљевској болници у којој је био затворен Хидалго. Ратно веће је осудило затвореника да га ставе на оружје, а не на јавно место попут његових сапутника, и пуцајући у груди, а не у леђа, чиме је сачувао главу. Хидалго је реченицу чуо мирно и спреман да умре.
Његов последњи дан описан је на следећи начин: „Још у затвору служио му је чоколадни доручак, а узевши га, молио је да му се уместо воде послужи чаша млека, што је завршио са изванредним испољавањем апетита и задовољства. Тренутак касније речено му је да је дошло време за мучење; Чуо је то без промене, устао на ноге и изјавио да је спреман за полазак. Заправо је изашао из одвратне коцке у којој се налазио и, напредујући петнаест или двадесет корака од ње, на тренутак се зауставио, јер га је официр страже питао да ли му се нуди нешто да последњи расположи; На то му је одговорио да, да жели да му донесу слаткише које је оставио на јастуцима: они су их заиста донели, и поделивши их међу истим војницима који су требали да га запале и који су марширали иза њега, охрабрио их је и утешио својим опроштењем његове најслађе речи да раде свој посао; А како је добро знао да му је наређено да не пуца у главу, и бојао се да ће много патити, јер је још био сумрак и предмети се нису јасно видели, закључио је рекавши: „Десна рука коју ћу ставити на прса биће , децо моја, сигурна мета до које морате да идете ”.
„Клупа мучења постављена је тамо у унутрашњем торалу наведене школе, за разлику од онога што је урађено са осталим јунацима, који су погубљени на тргу иза зграде и где је данас споменик. то нас подсећа на њега и нови тржни центар који је носио његово име; и када је Идалго знао за место на које је упућен, кренуо је чврстим и спокојним кораком, и не дозвољавајући да му се повежу очи, молећи се снажним и усрдним гласом псалам Мисерере ме; Стигао је до одра, пољубио га резигнирано и с поштовањем, и упркос неким препиркама због којих није седео окренутих леђа, заузео је место окренуто напред, ставио руку на срце, подсетио војнике да је то тачку на којој би требало да пуцају у њега, а тренутак касније експлодирало је пражњење пет пушака, од којих је једна ефикасно пробила десну руку не повређујући срце. Јунак је, готово неустрашив, затегнуо молитву, а њихови гласови су утихнули када је поново детонирано још пет пушчаних њушки, чији су меци, пролазећи поред тела, раскидали везе које су га везале за клупу, а човек је пао у језеро од крви још није био умро; била су потребна још три метка да би се окончало то драгоцено постојање, које је поштовало смрт више од 50 година “.
Његова глава, са главама Аљенде, Алдаме и Хименеза, биле су смештене у гвоздене кавезе на угловима Алхондига де Гранадитас у Гуанајуату. Тело је сахрањено у трећем реду Сан Франциска де Чиваве, а 1824. труп и глава донети су у Мексико, да би били сахрањени са великом свечаношћу.
