Лекар и учитељ Себастијан Ролдан и Малдонадо, тестаментом је 1735. године дао своје богатство од 26 хиљада пезоса за мисије језуита у свету Нове Шпаније.
Његова сестра, госпођа Ангела Ролдан, удовица Х. (О) рденана, годинама касније, 1743. године, одлучила је да у исту сврху у наследство свог брата дода 50 хиљада пезоса. Тада су претпостављени одлучили да у Пуебли стекну земљиште уз Плазу де Гуадалупе за изградњу цркве и школе Сан Францисцо Јавиер, последње важно дело Дружбе Исусове у том граду и у Мексику пре њиховог протеривања.
Између 1. и 13. децембра 1751. године одржано је отварање цркве и школе да би, попут цркве Сан Грегорио де Мекицо, давали хришћанску доктрину и прва писма староседеоцима, обављали мисионарски рад у махалама Ангелополис и Сијера де Пуебла, као и за обуку језуита на природним језицима. У својим раним годинама имао је више од 200 ученика.
Тамо је радио као индијски радник од 1761. године, према записима, најпознатија личност његовог доба: Францисцо Јавиер Цлавијеро (1731-1787), важан и угледан језуит у историји идеја, претеча наше зависности, покретач и егзалтер нашег снажног аутохтоног културног наслеђа, реформатор модерне мексичке филозофије и наставе науке, због свог „разумевања домовине као стварности која се разликује од Шпаније“ и због своје трајне и осетљиве лекције из љубави према ономе што је наше.
Цлавијеро је већ био у Пуебли, а пре неколико година у Сан Јеронимо, Сан Игнацио, ЕИ Еспириту Санто и Сан Илдефонсо, одреднице у његовом хуманистичком тренингу. Вратио се у Сан Јавиер након што је открио дивно наслеђе које је Царлос де Сигуенза и Гонгора оставио у Цолегио де Сан Пабло де ла Виеја Мекицо-Теноцхтитлан, сигурно привучено аутохтоном величином, културним коренима Мексика. Претпоставља се да је овај језуит научио Нахуатла у Сан Јавиеру, што би му омогућило да у изгнанству напише своју основну Древну историју Мексика.
Несумњиво је његов боравак у Пуебли допринео ковању ове изузетне личности, која је прешла из Ангелополиса у Валладолид (Морелиа), где су касније његова учења утицала на формирање националних личности као што су Мигуел Хидалго и Цостилла.
Црква Сан Јавиер, саграђена у осамнаестом веку, била је једна од најлепших зграда Игнацијанског реда у Пуебли, њена декорација је укусна, арогантна купола има један торањ, лепе слике фасаде три тела хировити дорски, каже Марко Дијаз. Његове аркаде и двориште анархично су трансформисани 1949. године, остављајући само бочни улаз занимљивих облика.
У апсиди се налазила позлаћена олтарна слика изузетне и изврсне израде, у чијем је средишту, испод прелепог павиљона исте величине, била постављена прелепа слика светог Фрање Ксаверског. Према др. Ефраину Кастру, аутори ове олтарне слике су исти они који су направили онај у Тепозотлану: Мигуел Цабрера и Хигинио де Цхавез.
Храм је напуштен протеривањем језуита 1767. године; 28 година касније, 1795. године, говори се о његовом великом пропадању, а следеће године Антонио де Санта Мариа Инцхауррегуи коментарише његову поправку. Тренутно је крајње одредиште његовог уметничког богатства непознато, као што су олтарне фигуре са ликовима светих Хосеа и Игнација и значајни гватемалски комади. На покривачу Сан Јавиера, приликом чишћења камења, ударци гелера примљени на локацији Пуебла 1863. године избили су као неми сведоци.
На основу закона који је издао Конгрес Уније, 13. јануара 1834. године, Сан Јавиер је постао власништво владе државе Пуебла, а тада је нова државна казнионица изграђена поред храма и колеџа у складу са са плановима великог архитекте и обновитеља Пуебле Јосеа Манза (1787-1860), у маниру затвора у Цинциннатију. Овај пројекат, врло напредан у своје време, обухватао је радионице за рехабилитацију затвореника које су их одржавале активним и пружале средства за подршку њиховим породицама.
Почетна заслуга овог дела одговара генералу Фелипеу Цодаллосу, гувернеру државе између 1837-1841, који је први камен положио 11. децембра 1840. Напредак у градњи био је изузетан до 1847, када је прекинут и озбиљно погођен разумом америчке интервенције. 1849. године, са гувернером Јуаном Мујицом и Осориом, радови су настављени, али је нова интервенција, сада француска, поново обуставила градњу.
После узвишене победе 5. маја 1862. године и заузимања касарне, Јоакуин Цоломбрес из Пуебле претворио је казнионицу у тврђаву Итурбиде за одбрану града, поставши херојско место 1863. Сан Јавиер, за свој Делимично, од 18. до 29. марта те године, био је веома важан бастион у коме су мексичке трупе написале један од својих најбољих епова, иако је зграда била скоро потпуно уништена бомбардовањем.
Годину дана касније, 1864. године, снажни земљотрес значајно је оштетио затворски комплекс и зграду Сан Јавиер са које је пао његов једини торањ.
13. децембра 1879. године група побланоса преузела је задатак да настави и доврши велико дело, формирајући одбор за обнову који је генерал Јуан Црисостомо Бонилла (гувернер од 1878. до 1880.) спонзорисао указом Државног конгреса. Радови су започели 5. фебруара 1880. године, под управом архитекте Пуебле Едуарда Тамариса и Хуана Цалве и Замудио-а, који су поштовали оригиналне смернице Јосеа Манза.
Са каснијим гувернерима ентитета (генерали Јуан Н. Мендез који је владао 1880. и Росендо Маркуез који је то радио између 1881. и 1892.) бескрајан посао је закључен. Реконструкција је била готово завршена: мушки и женски станови, трезори, степенице, канцеларије, 36 павиљона и пола хиљаде ћелија.
1. априла 1891. године укинута је смртна казна у држави - прва у земљи -, створен је Одбор за заштиту затвореника и извршене су разне реформе кривичног закона ентитета, а следећег дана Порфирио Диаз, председник Република је ставила Казнено-поправни завод у службу.
У вези са трошковима његове изградње вреди поменути следеће податке: 1840. године утврђен је посебан допринос од 2,5% на продају ликера, а 1848. године пулкеријама је одређена квота од 2 реалес се манариос, " порези “који никада нису били довољни за велико дело. Од 1847. до 1863. године уложено је 119.540,42 пезоса, а од 1880. до 1891. године потрошено 182.085,14.
Општине су месечно покривале издржавање затвореника који долазе из њиховог региона. Годишњи издатак Казнено-поправног завода у првим годинама износио је више од 40 хиљада пезоса. 1903. године лекари Грегорио Вергара и Францисцо Мартинез Баца основали су антропометријску и криминалистичку лабораторију у институцији, као и музеј са више од 60 лобања затвореника који су умрли у затвору, тренутно под старатељством ИНАХ-а.
Зграда Сан Јавиер имала је различите намене: касарне, магацин, војна болница, епидемиолошка болница, ватрогасни дом, општинско електрично одељење и трпезарија Казнено-поправног завода, због чега је постепено уништавана. 1948. године у дворишту и аркадама Сан Јавиера постављена је државна школа која је озбиљно оштетила архитектонски комплекс, а 1973. и последњих година његови сводови су озбиљно погођени.
Казнено-поправни завод Пуебла функционисао је до 1984. године, године у којој је гувернер државе Гиљермо Хименез Моралес одржао народне консултације како би одлуку о коришћењу и одредишту ових историјских зграда препустио људима Пуебле, у једној од којих је засијала. таленат Франциска Хавијера Цлавијера, наши аутохтони језици су раширени и обављен је важан образовни рад, поред чињенице да је у оба национална целина бизарно брањена, бар у два наврата. Једногласно, побланос је затражио од извршне власти да преправи Казнено поправни завод и спаси Сан Јавиер како би их посветио културним активностима и као богата сведочанства од суштинског значаја за одржавање историјског сећања на Пуеблу.
